В 90% случаев проблемы с ражами совершаются по вине самих пользователей. И то что необходимо делать яндексу - это обеспечивать информационную подготовку пользователей. Я пользуюсь именно Я,Деньгами потому что это очень удобно, относительно тех же ВМ, где куча ключей, паролей, файлов и прочего. И усложнять систему (с точки зрения пользователей) - не самый верный подход, имхо.
Конечно защиту надо получше делать, особенно после таких случаев. Но ответственности с преступника это не снимает. Судить и сажать таких. Красть никто еще не разрешал и законы не отменял.